Счетная палата Кыргызской Республики (далее – Счетная палата) была образована в октябре 1996 года, на основании принятого Жогорку Кенешем Кыргызской Республики Закона Кыргызской Республики «О Счетной палате Кыргызской Республики» от 19 октября 1996 года за N 55, как правопреемник Контрольной палаты Кыргызской Республики, первоначально образованной 6 марта 1992 года в соответствии с постановлением Верховного Совета Кыргызской  Республики, а также с принятием Закона Кыргызской Республики «О Контрольной палате».

Согласно принятому Указу Президента Кыргызской Республики “О мерах по совершенствованию системы государственного финансово-экономического контроля в Кыргызской Республике” от 29 июня 2000 года за N 164, в целях дальнейшего совершенствования системы государственного финансово-экономического контроля и приведения ее в соответствие с общепринятой мировой практикой, укрепления финансовой дисциплины и усиления борьбы с экономической преступностью, а также во избежание дублирования контрольных мероприятий, была упразднена Государственная инспекция финансового контроля при Правительстве Кыргызской Республики, с возложением функций государственного финансово-экономического контроля на Счетную палату и передачей ей штатной численности ГИФК. Таким образом, завершился процесс концентрации функций и полномочий государственного финансового контроля в единый независимый высший орган – Счетную палату Кыргызской Республики.

В дальнейшем, процесс становления Счетной палаты продолжался в направлении поиска оптимальной структуры с учетом изменений в государственной финансово–экономической политике страны. С первых дней своей деятельности Счетная палата сделала основной акцент на реализацию главной функции, определенной Законом, направленной на обеспечение контрольной деятельности по исполнению государственного бюджета. С этого момента статус Счетной палаты укрепился в качестве постоянно действующего независимого высшего органа государственного финансово-экономического контроля, образуемым Президентом Кыргызской Республики, Законодательным собранием и Собранием народных представителей Жогорку Кенеша Кыргызской Республики, имеющим установленную подотчетность перед ними.

В соответствии Законом «О Счетной палате Кыргызской Республики»  от 19 октября 1996 года N 55 высшее руководство Счетной палаты состояло из Председателя и двенадцати аудиторов, а также Счетная палата имела аппарат управления. При формировании Счетной палаты, Президент Кыргызской Республики, Законодательное собрание и Собрание народных представителей Жогорку Кенеша Кыргызской Республики назначали, каждый из них, по четыре аудитора. Председатель Счетной палаты назначался на должность Президентом Кыргызской Республики сроком на пять лет, по согласованию с Парламентом.

В рабочем процессе Счетная палата расширяла масштабы деятельности, как в части количества и качества контрольных мероприятий, так и в части объектов, охваченных проверками. При этом накапливался практический опыт организации и проведения контроля за исполнением государственного бюджета, государственных внебюджетных фондов, использованием и управлением государственной собственности и т.д. За это время были налажены и получили дальнейшее развитие связи Счетной палаты с высшими органами финансового контроля зарубежных стран, а также соответствующими международными организациями, что позволило Счетной палате значительно расширить возможности для одностороннего и многостороннего сотрудничества в рамках международных объединений.

В соответствии с дополнениями и изменениями в Закон  «О Счетной палате Кыргызской Республики» от 13 августа 2004 года № 117 Счетная палата стала независимым высшим органом государственного аудита, в состав высшего руководства СП КР входили Председатель Счетной палаты и четырнадцать аудиторов. Председатель Счетной палаты назначался на должность Президентом Кыргызской Республики с согласия Жогорку Кенеша Кыргызской Республики сроком на 5 лет. Половину состава аудиторов Счетной палаты назначал Президент Кыргызской Республики, другую половину состава аудиторов — Жогорку Кенеш Кыргызской Республики, сроком на 5 лет.

В связи с внесением изменений и дополнений в Закон Кыргызской Республики «О Счетной палате Кыргызской Республики» от 15 октября 2008 года N 213 количество аудиторов сократилось до трех. Весь состав аудиторов Счетной палаты с учетом представительства не более 70 процентов лиц одного пола как и Председатель Счетной палаты избирались сроком на 5 лет и освобождались по представлению Президента Кыргызской Республики Жогорку Кенешем Кыргызской Республики. Согласно новой конституции КР и внесенных изменений в редакцию Закона «О Счетной палате КР» от 18 февраля 2011 года N 2 руководство Счетной палаты состоит из девяти аудиторов.  31 мая 2023 года принят Конституционный закон Кыргызской Республики №114 «О Счетной палате Кыргызской Республики».